Ещё один довольно простой материал про Docker: Disposable Attack Containers О том, как развернуть kali внутри контейнера и как с этим работать. Если не нужны програмки с GUI — самое то. Иначе — виртуалка или отдельный раздел на диске. Я когда-то пытался одновременно держать репозитории Mint и Kali и через приоритеты разруливать пакеты. Ничего хорошего из этого не вышло, если честно.