Сделал тут flakehell – обертку вокруг flake8 c поддержкой pyproject.toml, красивым выводом ошибок, удаленными конфигами, простой интеграцией в легаси код и прочим. Но главное, с чего всё начиналось, это настройка кодов отдельно для каждого плагина, что позволяет явно указывать, какие плагины нужно запустить. Flake8 же запускает вообще всё, что установлено в окружении, что крайне неудобно.
Там наверху страницы есть звёздочка, её нужно нажать, чтобы интернет не сломался 🙃