Нашёл Gist с довольно простой идеей:

  1. Все проекты уже есть на каком-то сервере (Gitlab, Github etc), и их бэкапить не нужно.
  2. А вот всякие конфиги с паролями и локальными настройками для проектов — штука полезная. Их уже бэкапить нужно.

Для этого у автора есть следующая схема:

  1. Есть репозиторий, в котором точно такая же структура директорий, как в самих проектах. В этом репозитории лежат все конфиги и dot-файлы. Ну ладно, это не репозиторий, а директория с синхронизацией в icloud, дело вкуса.
  2. Ruby-скриптик (ну рубист он, простим его, переписать на питон не сложно), который для этих файлов расскаладывает поп проектам симлинки.

https://gist.github.com/searls/ae8e35a1403700cccb76e0179d240308